超純水の飲用適性については、従来から冗談を真に受け有害性を疑うケースがある。
超純水とは一定量の水が高度に精製された「状態」にある事を意味し、何等かの物質や核種を指すものではない。つまり「コップに採った超純水状態の水を飲用する」ことは可能だが、体内に入ったコップ一杯分の水を、超純水状態に維持し続ける事は不可能である。従って、飲んだ超純水が腸管粘膜に与える影響、というものは存在しない。歯の脱灰についても、砂糖の摂取や唾液による再石灰化と比較する限り無視できる。
普段飲用に供する水（水道水、井戸水、河川水など）と比較すると、それらが一般に溶解している物質（残留塩素や「ミネラル分」など）を含んでいないが、生体に必要な微量元素などは食物から供給されるものであり、長期間飲用したとしても欠乏することはない。 一方、いわゆる「おいしい水」との比較については、超軟水であること、溶存酸素がない事以外に特徴はなく、コーヒーやお茶を淹れると軟水で淹れた味になり、好みの問題となる。 水の味はおもに温度に影響されるため、クリーンルームの室温に合わせて供給されるユースポイントの超純水は「不味い」とする感想が多いというが、10～15℃に冷やして比較すれば別の結果になると見られる。
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これらとは逆に、ヒトの健康に対する利点を期待するケースもあるが、比較対照となる用水中に有害物質が含まれている場合を除き、プラセボ以上の期待は持てない。赤水や異臭についても安価な対策が多数存在し、あえて超純水を購入する必要はない。
なお、どのような水（を含む飲料）であっても、不適切な環境に放置すれば埃や雑菌など異物の混入が起こり得ることと、異物が混入したものを摂取すれば健康リスクが生じることは、例外なく共通している。